Der mündlichen Überlieferung nach gründete der hl. Liudger (742-809) gegen Ende des 8. Jh. hier als Stützpunkt für seine Missionsreisen nach Friesland eine Kirche. Archäologische Grabungen im Jahre 2001 haben die Vermutung bestätigt, dass auf diesem Kirchhügel bereits um das Jahr 800 das erste Kirchengebäude gestanden hat. Das für Norddeutschland einmalige St.-Amandus-Patrozinium der Kirche führt ebenfalls in die Zeit der sächsischen Mission zurück. Die Missionare nahmen Reliquien ihrer heimischen Heiligen mit in ihre Missionsgebiete und weihten die von ihnen errichteten Kirchen diesen Heiligen. Das von St. Amandus gegründete Kloster Lothusa/Belgien erhielt Liudger von Karl dem Großen als Rückhalt für die Friesenmission. Im Verlauf des 9. Jh. wurde die Aschendorfer Pfarrei mit allen zugehörigen Besitzungen dem Kloster Corvey geschenkt. In den Klosterregistern wird Aschendorf im 12. und 13. Jh. mit seinen abhängigen Kirchen gesondert von Meppen aufgeführt. Noch vor 1296 wurden Rhede und Heede von Aschendorf abgepfarrt, im 13. Jh. Völlen und Stapelmoor (Ostfriesland). Es folgten Papenburg (1680) und Lehe (1914) sowie 1986 die Umpfarrung von Borsum nach Rhede. Die St.-Amandus-Kirche wurde um 1250 als romanische Kreuzkirche erbaut. Bereits vorher standen an ihrem Platz fünf Vorgängerkirchen aus Holz-Fachwerk, deren Spuren im Boden deutlich sichtbar waren. Die Archäologen entdeckten auch auffallend viele „Traufgräber“, wie sie zuvor in Norddeutschland noch nicht gefunden wurden. Diese Gräber dienten der Bestattung ungetaufter Kleinkinder.
Im Jahre 1498 wurde die Kirche ausweislich der Jahreszahl an der Nordseite des Turmfußes gotisiert und unter Zufügung von zwei Jochen zu einer dreischiffigen Hallenkirche erweitert. Gleichzeitig erhielt sie statt des Rechteckchores einen spätgotischen mit 5/8-Chorschluss. 1969 wurde der spätgotische Chor für die Osterweiterung der Kirche geopfert. Im Zuge der Renovierung 2000-2003 wurde der Kirchenraum durch eine Glaswand in „Alte Kirche“ und „Neue Kirche“ geteilt.
Im Kirchturm steht ein Granit-Taufbecken aus dem 11. Jh., das jetzt als Weihwasserbecken dient. Die älteste der vier Glocken ist am Palmsonntag 1307 in Aschendorf gegossenen worden und gehört zu den wertvollsten noch erhaltenen Glocken des Bistums.
Zur spätgotischen Ausstattung der „Alten Kirche“ zählen eine kleine Pieta, ein sog. Gnadenstuhl, zwei Reliefs der Apostel Petrus und Paulus sowie 32 gotische Relieftafeln aus der Zeit zwischen 1460 und 1520 mit Darstellungen aus Leben und Leiden Christi und der Mutter Gottes.
Die „Neue Kirche“ besitzt neben einem romanischen Taufstein Bentheimer Typs eine barocke Ausstattung. Der Hochaltar ist ein Werk des Aschendorfer Meisters Franz Rudolf Joelemann (Jöllemann). Die Skulpturen, Gemälde und Seitenaltäre stammen von westfälischen Meistern und teils aus dem ehemaligen Franziskanerkloster. Über dem Chorgestühl hängen die beiden barocken Gemälde „Anna selbdritt“ und „Madonna mit Kind“ (um 1650) der flämischen Maler Jan van Balen und Caspar de Crayer, die dem Umkreis der Rubenswerkstatt in Antwerpen angehörten.
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